與側進式不同的是，L型底進式三通球閥有兩種不同的閥芯結構，單L型和雙L型。通常底進式三通球閥其閥芯為雙L型，形狀呈90°交叉。改變三通球閥介質的流向只需將閥柄進行90°的旋轉操作。然而由于在這個操作的過程中，三個通道都是開放的，必然會造成介質間的交叉污染。對于一些特殊的工況，這種交叉污染是無法容忍的，其在食品、醫藥等工程中十分常見。因此改變這一-設計，就變得非常重要。

如果閥芯改為采用單L型的通道，采用閥柄進行180°的旋轉操作來改變介質流向，當閥柄旋轉到90°的位置時，同時關閉了兩個出口的通道，這樣可以避免操作過程中發生的交叉污染。

由此可以看出，L型底進式三通球閥不僅有著在空間上的優勢，可以滿足不同管線布置的需要，更重要的優點在于L型180°底進式三通球閥的設計避免了在切換時對物料造成的交叉污染混合問題。